Rugsėjo mėnesio vidutinė oro temperatūra buvo 12,5…14,7 °C (0,5 – 1,5° aukštesnė už 1981–2010 m. standartinę klimato normą (toliau – SKN)). Aukščiausia oro temperatūra mėnesio pradžioje pakilo iki 21…25 °C. Žemiausia oro temperatūra paskutinėmis rugsėjo dienomis daug kur nukrito iki 1…4 °C, Nidoje iki 9 °C, pietiniuose rajonuose užregistruotos šalnos iki -0,2…-3 °C. Prie dirvos paviršiaus šalnos (-0,3…-5 °C) stebėtos daugelyje rajonų.

Per rugsėjo mėnesį didesnėje Lietuvos dalyje kritulių iškrito 90–190 mm (1,5–2,5 SKN), Skuode 229 mm (2,8 SKN), kai kuriuose pietiniuose rajonuose 70–85 mm (1,2–1,3 SKN). Buivydžių vandens matavimo stoties ir Nidos meteorologijos stoties duomenimis buvo stebėtas lokalus stichinis meteorologinis reiškinys – labai smarkus lietus, kai per 12 val. prilijo 50–56 mm.

Didžiausias vėjo greitis rugsėjį siekė 15–20 m/s.

Saulė šį mėnesį didesnėje šalies dalyje spindėjo 120–145 val. (10–50 val. trumpiau už SKN), pajūryje 160–166 val. (15–20 val. trumpiau už SKN).

Rugsėjo mėnesį vandens lygis Nemune iki Kauno marių pakilo apie 50 cm, visą mėnesį Neryje, Vidurio ir Pietryčių Lietuvos upėse vandens lygis buvo aukštas. Daugelyje upių aukščiausias vandens lygis stebėtas rugsėjo 20–25 dienomis. Labiausiai pakilo Vakarų Lietuvos upės ir Nevėžis (112–297 cm). 8 VMS „pagerino“ rekordus – aukščiausias vandens lygis buvo 6–331 cm aukštesnis už iki šiol stebėtą rugsėjo mėnesį. Stichinis vandens lygis užfiksuotas rugsėjo 19–21 d. Leitėje ties Kūlynais. Vidutinis mėnesio vandens lygis upėse buvo 14–253 cm aukštesnis už rugsėjo mėnesio vidutinį daugiametį, tik Kražantėje ties Pluskiais 11 cm žemesnis už jį.

Šilčiausias vanduo daugelyje upių stebėtas rugsėjo 1–5 d. (nuo 14,4 °C Merkyje ties Puvočiais iki 18,4 °C Jūros upėje ties Taurage). Paskutinę mėnesio dieną vandens temperatūra svyravo nuo 8,6 °C Merkyje ties Puvočiais ir Kražantėje ties Pluskiais iki 13,2 °C Nevėžyje ties Panevėžiu.

Vidutinis rugsėjo mėnesio vandens lygis Tauragno ežere buvo 42 cm, Totoriškių ežere – 12 cm aukštesnis už šio mėnesio vidutinį daugiametį. Šilčiausias vanduo buvo rugsėjo pirmomis dienomis. Paskutinę mėnesio dieną vandens temperatūra ežeruose siekė 14,2 °C (Tauragno ežere), 13,1 °C (Totoriškių ežere). Vanduo atvėso 3,5–4,5 °C.