| Eil. Nr. | Valstybės institucijos (įstaigos, įmonės) pavadinimas | Struktūrinio padalinio pavadinimas | Pareigybės pavadinimas | Vadovo, skiriančio asmenį į pareigas, pareigybės pavadinimas |
| 1. | LHMT | – | Direktorius | Aplinkos ministras |
| 2. | LHMT | – | Direktoriaus pavaduotojas | Direktorius |
| 3. | LHMT | – | Kancleris | Direktorius |
| 4. | LHMT | Komunikacijos ir tarptautinio bendradarbiavimo skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 5. | LHMT | Hidrologinių stebėjimų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 6. | LHMT | Matavimų kokybės ir technikos skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 7. | LHMT | Meteorologinių ir aviacinių stebėjimų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 8. | LHMT | Prognozių ir perspėjimų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 9. | LHMT | Klimato ir tyrimų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 10. | LHMT | Bendrųjų reikalų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 11. | LHMT | Informacinių technologijų skyrius | Vedėjas | Direktorius |
| 11. | LHMT | Projektų ir organizacijos vystymo skyrius | Vedėjas | Direktorius |
